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Microbica impatti metabolismo sostenibilità degli sforzi fracking Attraverso un programma scientifico di collaborazione che coinvolge due DOE servizi offerti agli utenti nazionali, i ricercatori DOE-sostenuti sono stati in grado di ricostruire i genomi microbici per la prima volta da formazioni di scisto che vengono perforati per l'estrazione di gas naturale. Identificare la perdita microbica colpevoli Avvio Oceanic azoto e in collaborazione con il DOE JGI, gli scienziati hanno avuto accesso a state-of-the-art di smistamento a cella singola e capacità di biologia sintetica che ha permesso loro di identificare e caratterizzare funzionalmente il ruolo di SAR11 nelle zone minimi di ossigeno nell'oceano. In primo piano CSP FY16 Progetto Intermedio Wheatgrass Progetto Intermedio Wheatgrass (GLI) è una specie altamente produttivi di erba che è in fase di sviluppo come una nuova biomassa e raccolto di grano. Come coltura perenne, IWG in grado di fornire servizi essenziali di ecosistema di pratiche agricole attuali, come la stabilizzazione del terreno con la sua struttura profonda radice, riducendo il deflusso di nutrienti, e limitando la crescita di erbacce. In primo piano CSP FY15 Progetto Subsurface microbiologia per GEWaSC modellazione: Sorprendentemente poco si sa circa la biologia del sottosuolo, in particolare al di sotto della zona di terreno. In questo progetto, i ricercatori cercano di scoprire la diversità degli organismi che esistono in un acquifero ben studiato (saturi) e sovrastante vadosa sedimenti (insaturi) di zona (non includono suolo). Piani di CSP per l'anno fiscale 2016 I progetti CSP 2016 sono stati selezionati tra 74 proposte complete ricevute, derivante da 98 lettere di intenti inviate. La dotazione complessiva per il 2016 portafoglio CSP è stimato a toccare quasi 40.000 miliardi basi (terabasi o TB) di piante, funghi e del genoma microbico la capacità di sequenziamento del DOE JGI. Meglio microbica Genome categorizzazione con MetaBAT uno strumento automatico chiamato MetaBAT che raggruppa automaticamente grandi frammenti genomici assemblati da sequenze metagenoma per ricostruire singoli genomi microbici. Phytozome v11 è stato rilasciato! Phytozome è il portale impianto comparativo Genomics del Dipartimento di Joint Genome Institute di energia. Il rilascio V11 di Phytozome (gennaio 2016) comprende una serie di aggiornamenti e dati aggiuntivi. Su larga scala CSP chiamata Il CSP annuale di chiamata si concentra su progetti scientifici su larga scala sequenza a base di genomica che affrontano questioni di rilevanza alle missioni DOE nella produzione sostenibile di biocarburanti, ciclismo globale del carbonio, e biogeochimica. Collaborative scienza chiamata La chiamata FICUS tra il DOE JGI e molecolare Environmental Science Laboratory (EMSL) rappresenta un'opportunità unica per i ricercatori di combinare la potenza di genomica e la caratterizzazione molecolare, in un progetto di ricerca proposto. 10 nuovi progetti per il sostegno a titolo congiunto DOE utente Struttura Initiative Il Dipartimento dell'Energia degli Stati Uniti Joint Genome Institute (DOE JGI) e Scienze Molecolari Environmental Laboratory (EMSL) hanno accettato 10 progetti presentati durante il 2017 invito a presentare proposte per la loro "impianti comuni Integrazione collaborazioni per Science utente "(Ficus) iniziativa. Come funghi Aiuto alberi resistenti alla siccità adattamenti specifici nel C. geophilum trascrittoma - l'insieme delle sue molecole di RNA messaggero che riflette l'attività biochimica reale dal fungo - potrebbe aiutare i loro ospiti siano più resistenti allo stress della siccità, una scoperta che potrebbe essere utile per lo sviluppo di più materie prime vegetali per la bioenergia in mezzo al clima che cambia. Svelata: Diversità virale terrestre naturale, i ricercatori DOE JGI utilizzato la più grande collezione di set di dati metagenomiche riuniti da tutto il mondo per scoprire oltre 125.000 genomi virali parziali e complete, la maggioranza di loro infettare i microbi. Casa & rsaquo; Uscite e rsaquo Notizie; Biofuel Tech direttamente dalla fattoria 18 febbraio 2016 Biofuel Tech direttamente dalla fattoria team di ricerca rubinetti EMSL, DOE JGI di sfruttare i funghi promettenti trovati nel letame Natura della capito già, come rompere meglio il cibo in carburante. Ora gli scienziati hanno raggiunto, mostrando che i funghi trovati nelle budella di capre, cavalli e pecore potrebbe contribuire a riempire il serbatoio del gas troppo. funghi intestinali anaerobici colonizzano biomassa, e gli enzimi secreti che rilasciano zuccheri liberi nel loro ambiente. (Rendering artistico dei funghi da University of California di ingegneria graphic designer Peter Allen) I ricercatori riferiscono sulla rivista Science il 18 febbraio che questi funghi intestinali anaerobici eseguire così come i migliori funghi ingegnerizzati dall'industria nella loro capacità di convertire materiale vegetale in zuccheri che possono essere facilmente trasformati in carburante e altri prodotti. "La natura ha progettato questi funghi per avere quello che sembra essere il più grande repertorio del mondo di enzimi che degradano la biomassa", ha detto Michelle O'Malley, autore principale e professore di ingegneria chimica presso l'Università della California, Santa Barbara. Questi enzimi - strumenti fatti di proteine - lavorano insieme per abbattere materiale vegetale testardo. I ricercatori hanno scoperto che i funghi si adattano i loro enzimi di legno, erba, residui agricoli, o qualsiasi altra cosa gli scienziati alimentano. I risultati suggeriscono che l'industria potrebbe modificare i funghi intestinali in modo che essi producono enzimi migliorate che sovraperformare i migliori disponibili, che potrebbe condurre alla biocarburanti meno costosi e prodotti a base biologica. Per rendere il ritrovamento, O'Malley ha attirato su due Dipartimento americano di Ufficio Energia della Scienza (SC) User Servizi: Science Laboratory Molecolare Ambientale presso Pacific Northwest National Laboratory e il DOE Joint Genome Institute. Lo studio di O'Malley è il primo che il risultato di una partnership tra le due strutture denominate strutture Integrazione Collaborazioni per la scienza utente o FICUS. La partnership permette agli scienziati di tutto il mondo per disegnare sulla capacità a entrambi i servizi offerti agli utenti SC per ottenere una comprensione più completa di questioni scientifiche fondamentali. La squadra di O'Malley comprendeva anche scienziati provenienti da PNNL, DOE JGI, il Broad Institute del MIT e di Harvard, e Harper Adams University. "Toccando le capacità di RNA di sequenziamento e caratterizzazione delle proteine presso le rispettive strutture, abbiamo avanzato la ricerca di biocarburanti in modi non possibili", ha dichiarato Susannah Tringe, DOE JGI deputato per programmi utente. "Questo programma di collaborazione è stato istituito per incoraggiare e consentire ai ricercatori di integrare più facilmente le competenze e le capacità dei molteplici servizi offerti agli utenti nella loro ricerca. FICUS offre un approccio one-stop shopping per l'accesso alle infrastrutture tecnologiche che sta rapidamente diventando un modello per la collaborazione ". Le più recenti tecnologie omiche e squadre transcontinentali a parte, questi constatazione non sarebbe possibile senza il più umile di sostanze. Lo scoop cacca Michelle O'Malley parlerà al 11 Genomics annuale del DOE JGI di Energy & amp; . Ambiente Meeting a Walnut Creek, in California Lo studio da O'Malley (qui in possesso di un cultura della isolato intestino funghi) ei suoi colleghi è il primo che il risultato di una partnership tra due strutture di utenti nazionali - il DOE Joint Genome Institute e l'ambiente Molecular Science Laboratory presso Pacific Northwest National Laboratory - chiamato strutture Integrazione Collaborazioni per la scienza utente o FICUS. (Sonia Fernandez, University of California) Le aziende vogliono trasformare biomasse come legno, alghe ed erbe in combustibili o prodotti chimici. Il problema: La matrice di molecole complesse trovati nelle pareti cellulari delle piante-lignina, cellulosa ed emicellulosa-combinano per creare l'equivalente biologico del cemento armato. Quando l'industria non può abbattere questa biomassa, hanno pretrattare con calore o prodotti chimici. O buttare via. Entrambe le opzioni aggiungono al costo del prodotto finito. Molti animali da allevamento non hanno problemi abbattere queste stesse molecole, che hanno ispirato il team di ricerca per investigare. La loro ricerca è iniziata alla zoo di Santa Barbara e una stalla in Massachusetts, dove hanno raccolto il letame da capre, cavalli e pecore. Il fresco campione, meglio è, per questo cortile di taglie tenuto esemplari vivi di funghi biomassa-mangiare. Come alcuni di primi organismi unicellulari nucleo contenente tutto il mondo, i funghi intestinali anaerobici sono stati intorno dal prima dei dinosauri. Gli scienziati sanno da tempo che svolgono un ruolo significativo nell'aiutare erbivori digerire le piante. Una ragione ha a che fare con il comportamento brulicante di alcuni funghi. Quando i funghi si riproducono, rilasciano decine di spore con appendici posteriori simili chiamati flagelli. Questi funghi bambino nuotano intorno come girini e trovare nuove cibo nell'intestino. Poi commercio code per le strutture simili a radici chiamati ife, che scavano in materiale vegetale. Poi fogliame diventa cibo. O'Malley ei suoi colleghi sapevano ife gli dei funghi espellere proteine, chiamate enzimi, che abbattere materiale vegetale. Come strumenti di una cassetta degli attrezzi, il più vario enzimi, migliori saranno i funghi possono smontare le piante e li trasformano in cibo. Se l'industria in grado di sfruttare i funghi con un tale cassetta degli attrezzi, si può rompere in modo più efficace verso il basso biomassa grezza. "Nonostante la loro affascinante biologia, funghi intestinali anaerobici possono essere difficili da isolare e studiare", ha dichiarato Scott Baker, piombo scienza il tema di EMSL per Biosistemi Dinamica e Design. "Utilizzando le capacità scientifiche all'avanguardia a EMSL e JGI, O'Malley ha mostrato come l'enorme catalogo di anaerobi enzimi dell'intestino funghi potrebbe avanzare la produzione di biocarburanti." Per trovare quel premio, il team di ricerca aveva bisogno di una mappa. Bene, due mappe. Così armato con una pallina di cacca, hanno preso uno sguardo più in profondità i funghi nell'intestino. Funghi che sono la crema del raccolto Nelle mani di scienziati, l'elenco degli enzimi prodotti da intestino funghi è il primo passo per sbloccare il loro potenziale di biocarburanti producono. Come monaci in un monastero di copiatura testi religiosi, le molecole di RNA messaggero trascrivono le informazioni genetiche necessarie per produrre proteine, tra cui gli enzimi. Così il DOE JGI sequenziato l'mRNA di diversi funghi intestinali a venire con loro trascrittoma, che rappresenta tutte le possibili proteine che potrebbero fare. O'Malley paragonato questo sforzo di ri-assemblare una mappa dei suoi pezzi, solo senza vedere il quadro completo. Dal momento che non tutte le proteine sono gli enzimi, i ricercatori hanno bisogno di un controllo incrociato loro mappa con un altro. Inserire il EMSL, dove i ricercatori hanno creato quella seconda mappa che ha identificato gli enzimi i funghi reali prodotte. Questo cosiddetto proteoma ha agito come punti di riferimento che abbinati alla mappa del JGI, mettendo in evidenza gli enzimi biomassa degradanti del trascrittoma. Insieme, le mappe da JGI e EMSL sottolineato l'tesoro di enzimi funghi intestinali possono produrre. Rispetto alle varietà industriali, che supera fuori circa 100 enzimi, funghi intestinali possono produrre centinaia di più. Di nota, i funghi producono enzimi meglio a abbattere un emicellulosa trovato in legno, chiamati xilano. E quando gli scienziati hanno cambiato dieta dei funghi da scagliola allo zucchero, i funghi hanno risposto modificando gli enzimi che produceva. In altre parole, i funghi possono aggiornare loro arsenale enzima al volo. "Perché i funghi intestinali hanno più strumenti per convertire la biomassa in combustibile, che potevano lavorare più velocemente e su una più ampia varietà di materiale vegetale. Che avrebbe aperto molte opportunità per l'industria dei biocarburanti ", ha detto O'Malley, il cui studio è stato finanziato dal Dipartimento degli Stati Uniti di Ufficio Energia della Scienza, il Dipartimento statunitense dell'Agricoltura e l'Istituto per le Biotecnologie di collaborazione. Inoltre, O'Malley è stato il destinatario di un DOE Office of Science Early Career Award nell'ambito del biologico e la Ricerca Ambientale Programma. Di recente, è stata nominata una delle 2016 Presidential Early Career Award per scienziati e gli ingegneri (destinatari PECASE). O'Malley presenterà i suoi risultati al 11 ° Genomics annuale del DOE JGI di Energy & amp; Ambiente Meeting a Walnut Creek, California, il 24 marzo Le iscrizioni sono ancora aperte per la riunione. Riferimento: Kevin V. Solomon, Charles H. Haitjema, John K. Henske, Sean P. Gilmore, Diego Borges-Rivera, Anna Lipzen, Heather M. Brewer, Samuel O. Purvine, Aaron T. Wright, Michael K. Theodorou, Igor V. Grigoriev, Aviv Regev, Alba A. Thompson, Michelle A. O'Malley, funghi intestinali Early-ramificazione in possesso di un grande, gamma completa di biomasse enzimi degradanti, Scienza. 18 febbraio 2016, DOI: 10.1126 / science. aad1431. EMSL, il Laboratorio di Scienze Molecolari ambientale, è una struttura nazionale utente scientifico promosso dal Dipartimento di Office of Science di energia. Situato a Pacific Northwest National Laboratory di Richland, Washington. EMSL offre un ambiente aperto e collaborativo per la scoperta scientifica per i ricercatori di tutto il mondo. Le sue risorse computazionali e sperimentali integrati permettono ai ricercatori di realizzare importanti intuizioni scientifiche e creare nuove tecnologie. Seguire EMSL su Facebook, LinkedIn e Twitter. gruppi interdisciplinari a Pacific Northwest National Laboratory affrontare molte delle questioni più urgenti America nei settori dell'energia, dell'ambiente e della sicurezza nazionale attraverso progressi nella scienza di base e applicata. Fondata nel 1965, PNNL impiega 4.400 dipendenti e dispone di un bilancio annuale di quasi $ 1 miliardo. E 'gestito da Battelle per Office of Science del Dipartimento statunitense dell'Energia di. Come il singolo più grande sostenitore della ricerca di base nelle scienze fisiche negli Stati Uniti, l'Ufficio della Scienza sta lavorando per affrontare alcune delle sfide più urgenti del nostro tempo. Per maggiori informazioni su PNNL, visitare il News Center PNNL, o seguire PNNL su Facebook, Google+, LinkedIn e Twitter. Condividi questo: Il Dipartimento americano di Energia Joint Genome Institute, un DOE Office of Science utente strumento presso il Lawrence Berkeley National Laboratory, si è impegnata a far progredire la genomica a sostegno delle missioni DOE legati alla generazione di energia pulita e caratterizzazione ambientale e la pulizia. DOE JGI, con sede a Walnut Creek, in California. Fornisce integrato sequenziamento high-throughput e analisi computazionali che consentono approcci scientifici sistemi basati a queste sfide. Seguire @doe_jgi su Twitter. Office of Science del DOE è il più grande sostenitore della ricerca di base nelle scienze fisiche negli Stati Uniti, e sta lavorando per affrontare alcune delle sfide più urgenti del nostro tempo. Per ulteriori informazioni, si prega di visitare il sito science. energy. gov. Contenuto relativo:
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